Menurut legenda, Pura Besakih didirikan oleh Rsi Markandeya, seorang pendeta Hindu yang datang dari Pulau Jawa pada abad ke-10 Masehi.
Rsi Markandeya melakukan perjalanan panjang dan melelahkan untuk mencapai Pulau Bali, yang pada saat itu masih berupa hutan lebat dan belum banyak dihuni. Namun, upaya pertamanya untuk membangun Pura Besakih tidak berhasil, karena beliau menghadapi banyak kesulitan dan tantangan. Rsi Markandeya kemudian kembali ke Pulau Jawa dan melakukan persiapan spiritual sebelum melakukan perjalanan kedua ke Bali.
Pada perjalanan keduanya, Rsi Markandeya akhirnya tiba di kaki Gunung Agung, gunung tertinggi di Bali. Sebelum memulai pembangunan Pura Besakih, Rsi Markandeya melakukan ritual penanaman Panca Datu, yaitu lima elemen yang dipercaya dapat menyeimbangkan dan menyucikan tempat tersebut. Ritual ini dilakukan untuk membersihkan dan menyucikan lokasi, serta untuk memastikan bahwa Pura Besakih dapat menjadi tempat suci yang harmonis dan seimbang.
Pura pertama yang dibangun dalam kompleks Pura Besakih adalah Pura Basukihan, yang terletak di bagian bawah kompleks pura. Setelah Pura Basukihan berhasil dibangun, Rsi Markandeya kemudian membangun pura-pura lainnya dalam kompleks Pura Besakih. Pura Besakih kemudian menjadi pusat keagamaan dan spiritual bagi masyarakat Bali, dan terus berkembang hingga saat ini.
