Sepanjang Sejarah, pengaruh negara terhadap Pura Besakih telah hadir secara konsisten. Para penguasa dari masa kerajaan hingga era republik, secara langsung atau tidak langsung turut serta dalam pemeliharaan fisik pura maupun pelaksanaan ritual. Keterlibatan ini menjadi syarat minimum agar sebuah pura disebut sebagai “pura negara”. Hubungan antara pura dan negara berubah seiring perubahan bentuk negara di Bali—dari masa pra-Majapahit, kerajaan-kerajaan tradisional seperti Gelgel Klungkung, masa kolonial Belanda, hingga era Republik Indonesia. Meskipun negara mengalami pasang surut, Pura Besakih tidak pernah ditinggalkan, karena didukung oleh ideologi hierarki yang menempatkan pura ini sebagai pusat spiritual tertinggi.
Terdapat beberapa legenda yang menceritakan tentang Pura Besakih pada masa lampau, dalam suatu masa yang sangat kuno, di luar jangkauan kronologi yang jelas, mencerminkan pandangan orang Bali bahwa Besakih adalah tempat yang sangat tua. Sejauh mana legenda- legenda ini di masa lalu masih sulit ditentukan karena sedikitnya data historis tentang penyebaran dan waktu kemunculannya.
Selama lima puluh tahun terakhir, pemahaman orang Bali terhadap Sejarah masa lalu telah dipengaruhi oleh gagasan sejarah Barat, baik secara umum maupun lewat tulisan-tulisan para sarjana Barat dan Indonesia. Di kalangan terdidik Bali, legenda-legenda tidak lagi hidup dalam ruang waktu yang statis, tetapi mulai disusun ke dalam kerangka kronologis yang lebih sistematis. Misalnya, legenda Rsi Markandeya kini dianggap sebagai mitos awal tidak hanya bagi Pura Besakih, tetapi juga bagi penyebaran Hindu pertama kali di Bali. Sementara itu, Dalem Kesari dikaitkan dengan raja sejarah abad ke-10, dan Mpu Kuturan dianggap sebagai tokoh penting dalam sejarah keagamaan Bali.
