Pura Mutering Jagat Dalem Sidakarya memiliki sejarah yang erat kaitannya dengan perjalanan Brahmana Keling, yang kemudian dikenal sebagai Dalem Sidakarya, ke Pura Besakih.
Brahmana Keling dari Pulau Jawa tiba di Pura Besakih untuk membantu Raja Dalem Waturenggong dalam upacara Eka Dasa Rudra. Namun, masyarakat setempat meragukan hubungan kekeluargaan antara Brahmana Keling dan Dalem Waturenggong, sehingga Brahmana Keling diusir dengan cara yang tidak hormat.
Sebelum meninggalkan Pura Besakih, Brahmana Keling mengucapkan kutukan yang menyebabkan kekeringan dan kehancuran di seluruh Bali. Kutukan ini terbukti benar, dan Dalem Waturenggong kemudian melakukan meditasi di Pura Besakih untuk meminta petunjuk. Ida Batara memberi tahu Dalem Waturenggong bahwa Brahmana Keling memiliki kemampuan untuk menghilangkan kutukan tersebut.
Setelah Brahmana Keling mengangkat kutukannya, Dalem Waturenggong memberikan penghargaan dengan menganugerahkan gelar Dalem Sidakarya kepadanya. Dalem Waturenggong juga memerintahkan pembangunan Pura Dalem Sidakarya pada tahun 1518 Masehi untuk mengenang jasa Dalem Sidakarya dan sebagai tempat nunas tirta sidakarya bagi umat Hindu. Pura ini kemudian berganti nama menjadi Pura Mutering Jagat Dalem Sidakarya.
